Klaster

Aby wykonywać operacje na klastrze należy logować się na komputer n01.eti.pg.gda.pl. Przy pierwszym logowaniu należy wygenerować klucze prywatne i publiczne pozwalające na bezhasłowe logowanie się na inne węzły klastra (rzecz niezbędna do poprawnego działania mpi). Należy postępować zgodnie z instrukcjami dla komputerów w sali 527 (poniżej) i ręcznie wygenerować kliucze. Przy pytaniu o passphrase należy wcisnąć enter (nic nie wpisując). Jeżeli pracujemy na koncie indywidualnym to procedurę tą można wykonać na dowolnym systemie Linuxowym w laboratorium (np. na desach)

Dostępne jest klika implementacji MPI, domyślna to OpenMPI z katalogu /usr/lib64/openmpi/bin/mpirun. Do kompilacji należy użyć właściwych programóœ dla danej binarki uruchomieniowej. Lokalizacja programów uruchomieniowych jest następująca:

  • /usr/lib64/openmpi/bin/mpirun
  • /usr/lib64/mpich/bin/mpirun
  • /opt/openmpi/bin/mpirun
  • /opt/mpich2_local/bin/mpirun
  • /opt/mpich2/gnu/bin/mpirun
  • /opt/SUNWhpc/HPC8.2.1/

Na węźle n01 klastra zainstalowany jest program screen. Pozwala on na odłączenie sie od otwartej sesji na czas trwania obliczeń. Po zalogowaniu się należy wykonać polecenie “screen“. Po uruchomieniu obliczeń poprzez mpirun można odłączyć się od sesji naciskając kombinację klawiszy Ctr+a a następnie d. W tym momencie wykonane w screen polecenie będzie działać w tle, można się nawet wylogować z węzła n01. Aby podłączyć się do raz otwartej sesji należy wykonać polecenie “screen -r “co spowoduje podłączenie do raz otwartej sesji. Jeżeli w danym momencie jest więcej niż 1 taka sesja pokazana zostanie ich lista. Należy wtedy podłączyć się do właściwej za pomocą polecenia “screen -r pid_procesu“. Zamykanie sesji odbywa się za pomocą komendy “exit” lub kombinacji klawiczy Ctrl+d. Bardziej szczegółowe informacje na temat polecenia screen znajdują się w dokumentacji dostępnej przez “man screen” bądź “screen --help“.

Czyszczenie procesów na klastrze

Bardzo ważne jest by sprzątać po sobie po każdych zajęciach i nie pozostawiać działających procesów. Nieumiejętne uruchamiane aplikacji może w łatwy sposób naruszyć stabilność całego klastra (co też dało się na zajęciach zauważyć). Bardzo proszę o każdorazowe usuwanie starych procesów zanim uruchomią Państwo nową instancję, a w szczególności proszę o dbanie o poprawność Państwa aplikacji. Jeżeli z jakiegoś powodu aplikacja jednak zawiesi się należy skorzystać z polecenia kill. W celu zakończenia wszystkich zadań użytkownika na danym komputerze należy wykonać polecenie:

 kill -9 `ps -u -o "pid="`

W miejscewstawiamy nazwę użytkownika. Proszę zwrócić uwagę na cudzysłowy – wszystkie muszą zostać wpisane w poleceniu.  Polecenie to zakończy wszystkie procesy łącznie z procesem powłoki, więc po jego wykonaniu należy zalogować się ponownie.

Polecenie to należy wykonać na każdym z węźle z osobna!

MPI na komputerach w sali 527

Aby MPI działał bez problemów zalecane jest by uwierzytelnianie pomiędzy komputerami odbywało się za pomocą kluczy a nie haseł. Bez tego połączenie pomiędzy każdym węzłem musi zostać zweryfikowane hasłem użytkownika. Aby wygenerować klucze publiczne/prywatne poleceniem:

ssh-keygen -t rsa

W wyniku tego polecenia w katalogu .ssh w katalogu domowym użytkownika powstaną dwa pliki: id_rsa oraz id_rsa.pub. Plik id_rsa.pub (klucz publiczny) należy dopisać do pliku ~/.ssh/authorized_keys (np. poleceniem cat id_rsa.pub >> ~/.ssh/authorized_keys) na komputerze, na który chcemy się logować. Oczywiście wcześniej musimy go tam jakoś skopiować.

Zaleca się by operację taką wykonać na każdym komputerze wchodzącym w skład klastra i każdy dopisać w każdym. Można też skopiować gotowe klucze (zarówno publiczny jak i prywatny) pomiędzy komputerami. Wtedy wystarczy tylko jeden wpis na każdym komputerze, gdyż z każdego komputera uwierzytelniać będziemy się tym samym kluczem.

Jeżeli korzystamy z konta katedralnego to klucze wystarczy wygenerować na jednej maszynie i dostęp do wszystkich innych w obrębie katedry będzie możliwy bez hasła (dzięki współdzielonemu systemowi plików).

MPI na apl09, apl10, apl11 i apl12

Aby móc skorzystać z MPI na wyżej wymienionych serwerach należy wykonać polecenia:

mpi-selector is a bad hack from the OFED project.  It has been dropped entirely in favor of environment-modules.  The environment-modules package creates a shell command used to load and unload the necessary environment variables for the mpi packages.  To see what modules are available, use this command:

module avail

Loading a module is done via

module load <module-name>

Unload is similar

module unload <module-name>

In order to emulate the previous behaviour, it is sufficient for a user to place a call to module load in their personal .bashrc (or similar shell init script if they use a different command shell) to cause the proper module to be loaded at login each time.